Оба аппаратика на самом деле качественные, оба ремонтно пригодные, у обоих отличная сервисная поддержка и хорошая гарантия. Среди этих параметров я бы не стал говорить, что один лучше а другой хуже.
Из преимуществ Атома - более удобный интерфейс (управление энкодером)
Из преимуществ Патона - наличие доп. функций, типа MIG|MAG, TIG и тому подобное...(правда пока неясно как они будут реализованы в будущем...)
По поводу самого процесса сварки, думаю вам подскажут другие спецы )
З.Ы я бы брал Атом, лежит к нему душа. И по нему только положительные отзывы