Из-за разной связи обмоток разница конечно будет, но тут борода какая-то, витков больше - напруга меньше... Одна обмотка снизу, другая сверху, может часть первичной обмотки тоже намотана со смещением (если не влезла в один слой), тогда всё понятно, сердечник с зазором, обмотки имеют разную связь с первичкой - вот и результат. Скорее всего трансформатор намотан не по "уму".
Чтобы дальше не ломать голову: мотать МГТФ 0,05 - 0,07, сразу в 2 нитки, при такой намотке у меня разница была в районе 1 вольта, и то, связываю с не корректным отображением на "верхнем" ключе из-за больших помех.