На схеме, приведённой Вами, обозначены начала обмоток. Надо смотреть по разводке платы. Транзисторы включаются синфазно, то есть одновременно. Начало первички подключено на +13 вольт, начала вторичек на BAV99, все обмотки мотаются в одну сторону, всё согласно схемы.
Если мотать МГТФ-ом - то вторички можно мотать одновременно, изоляция позволяет.
Не понятно, ПДФ какого трансформатора Вы привели? По Вашим виткам Ктр не совпадает... 37/29=1.27