"Апарат став більш індуктивнішим ніж був з цим трансформатором, але схоже що через діоди проходить більше нерівностей з цим трансформатором."

Тогда при сварке аппарат нужно класть набок так, что бы электронам было легче преодолевать эти неровности.
Глядишь и транс перематывать не придется.

Это же надо так испохабить плату.

Не у того доктора лечится, судя по написанному.