По схеме 43, в тексте 42 и 43 - так какая стояла? Питание ШИМа - это обмотка самопитания? 36 вольт дофига. Создаётся впечатление, что не работает обратная связь. Проверить нет ли замыканий обмоток друг на друга и индуктивность первички. Целостность снаббера. Получается, что у Вас везде завышено напряжение, кроме основного выхода 24 в., по которому идёт стабилизация. Значит, или он перегружен (отсюда попытка обратной связи исправить ситуацию и как следствие повышенное напряжение на остальных выходах), или если все потребители по +24 в отключены - проблема с выпрямительным диодом или электролитом по этому выходу. Что греется?