D3 вполне возможно стоят для гашения выбросов самоиндукции предположительно для предохранения схемы управления тиристорами. По крайней мере что они никак не мешают это точно. Вторички при наличии вольтметра переменного тока сфазировать очень просто . Когда они правильно сфазированы, то если разомкнуть их с одного конца и на разомкнутых концах померить напряжение, там должно быть максимум пару вольт (зависит от того как одинаково намотаны), в идеале 0 вольт . Хотя можно и на трансформаторе разобраться без замеров - начало к началу , конец к концу должны быть соединены(т.е. параллельно , делается это для умощнения вторички) . В промышленных сварочниках обмотки вообще переключаются переключателем параллельно-последовательно в зависимости от диапазона сварочных токов .